初期設定というのはモデルデータなどの読み込み処理が入っていますか??もし読み込みが入っているのならmainを出て初期設定をやる前にE3DDestroyHandlerSetで読み込み済みのモデルデータを削除するといいでしょう。E3DByeを呼ぶ手もありますがE3DByeをしたら、次に他のE3D命令を呼ぶ前に、E3DInitを呼ばないといけません。