これは難しいですね。アルファテストをハードウェアでするには出力のAの部分にアルファを出力しないとだめです。これはデプスやユーザー定数の出力の仕様とかみ合いません。無理にやろうとするとピクセルシェーダーにif文が混入することになります。ピクセルごとにifが入ると、環境によってはかなり重くなると思われます。