E3DDeleteMPで全てのボーンの親となるボーンのモーションポイントを削除したら、そのボーンが削除されず、子のほうが削除されてしまうようです。E3DSetMPInfoで編集しても同じように、子のほうのデータが変わっているようです。追記Rokdebone2で同じように親のボーンを削除すると、上記のような不具合はないのでバグかなあと思います。