ボーンを２つ作ったのですが（NewJoint5_JointとNewJoint6_Joint）
ファイルの中身を見てみると

SkinWeights {
"NewJoint5_Joint";

中略

SkinWeights {
"NewJoint6_Joint";

とならずに

SkinWeights {
"ReplacedName0";

中略

SkinWeights {
"NewJoint6_Joint";

という感じになってしまいます。
一応、アニメーションの方は正しく表示されているのですが
明らかにボーン名がおかしいのです。
何度試しても再現するのでなんとかして欲しいです。

こんばんは。

Xファイルは全角文字を混ぜることが出来ません。
ですのでボーン名などにアルファベットとアンダーバー以外の文字が混ざっている場合には
強制的にReplacedName**という名前に付け替えます。

NewJoint5_Jointの５が全角になっているとか
スペースが混ざっているとか何かその辺が疑わしいです。

このことを頭において
もう一度名前を見直してみてください。

もう一つ可能性がありました。

ちょっと説明しずらいので箇条書きにします。
○RokDeBone2では親の無いジョイントには影響度が割り当てられません。
○一番親のパーツ(ユーザーには公開していない)はXファイル出力時にReplacedName0になる。
○頂点の影響度の設定がうまくいっておらず、１個のボーンの影響も受けない頂点には
ダミーとしてReplacedName0の影響度が割り当てられる。
このダミーの適用をしやすいように、影響度の不具合が無くても
XファイルにはReplacedName0が出力されることがある。

ということで、正常なファイルという可能性もあります。

>Xファイルは全角文字を混ぜることが出来ません。
>NewJoint5_Jointの５が全角になっているとか
>スペースが混ざっているとか何かその辺が疑わしいです。

そんな事はありません。普通にジョイントを作成したデフォルトの状態です。

>○一番親のパーツ(ユーザーには公開していない)はXファイル出力時にReplacedName0になる。

ルートフレームがReplacedName0になるのは別に問題ありません。

>○頂点の影響度の設定がうまくいっておらず、１個のボーンの影響も受けない頂点には
>ダミーとしてReplacedName0の影響度が割り当てられる。
>このダミーの適用をしやすいように、影響度の不具合が無くても
>XファイルにはReplacedName0が出力されることがある。

ダミーとしてボーン名にReplacedName0が割り当てられるのはおかしいです。
ボーン名をちゃんとボーン階層のルートの名前にしないと
読み込みプログラムの作成が上手くいかないのです。

修正してリリースしました。

ありがとうございます。
これでなんとかなりそうです。