E3DDeleteMPで全てのボーンの親となるボーンのモーションポイントを削除したら、そのボーンが削除されず、子のほうが削除されてしまうようです。
E3DSetMPInfoで編集しても同じように、子のほうのデータが変わっているようです。

追記
Rokdebone2で同じように親のボーンを削除すると、上記のような不具合はないのでバグかなあと思います。

それはRokDeBone2, Easy3Dの仕様です。
ここを読んでください。

ttp://ochakkolab.moo.jp/HSPde3DKakuge/hsp3ver/sec04/sec04_2_1.htm

子供のほうに姿勢情報を格納することにより
ボーンが枝分かれしても、それぞれの枝が独立して動くように出来るのです。

ただし昔はこうじゃありませんでした。
一番最初は親に姿勢を格納していてバージョンアップで今のようになりました。

どこかに昔の名残の関数が残っているかもしれません（汗）。

RokDeBone2では親ボーンのキーを削除することによって
動きを再現できるのですが、easy3dでは同じようにすることができないのですか？

削除ほうほうが間違ってるのかも。もう少し調べてみます

うわあ、すいません。
モーションポイントの削除はモーションの結果の変化に関係ありませんでした。
モーションを再生させるときの処理をこちらで誤っていたようです。失礼しましたorz

了解ですー。